A 神秘博士/星际迷航 交叉揭示了为什么博格突然试图改变人类的过去 星际迷航：第一次接触 ——他们从研究第十一任博士和他的 TARDIS 中得到了这个想法。
神秘博士 和 星际迷航 两者都是标志性的科幻作品，在其漫长而多变的历史中多次相互启发和引用。但是，尽管他们有相似之处并且有着长期的联系，但这些传奇故事从未交叉过；除了一次，在这期间博士无意中塑造了关键事件 星际迷航 时间线。在 IDW 官方授权的八期漫画系列中，名为 星际迷航：下一代/神秘博士：同化²， 这 第十一任博士和他的同伴艾米和罗里威廉姆斯无意中降落在他们自己的宇宙之外，在那里他们很快遇到了皮卡德船长和主角 星际迷航：下一代 在 Enterprise-D 的全息甲板上。
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但是，当他们发现网络人在逃时，最初有趣的玩笑很快就平息了。在第十任博士时代离开他们的家乡维度后，他们通过与博格人建立短暂的联盟来恢复他们的征服运动。然而博士的到来实际上加速了他们的计划。窃取博格技术并屠杀无数无人机，赛博人现在威胁要改变整个存在。
Doctor's TARDIS 和 Enterprise 的机组人员迅速联合起来战胜威胁，还有几架在 Cybermen 的清洗中幸存下来的无人机。英雄团队使用 TARDIS 修补过去，然后在 Cyber 旗舰上非物质化，在那里他们被迫恢复 Borg Collective 以击败 Cybermen。然而，当这群人登上 TARDIS 逃离爆炸的船只时，博格人转向他们以前的战友并试图同化博士的船只，这样他们就可以利用它的能力来征服每个世界、时区和维度。
它需要 Rory、Worf 指挥官和 Data 的共同努力——以及 TARDIS 本身——才能将无人机投入时间漩涡。随着他们的敌人被击败，当博士和他的同伴们最后一次离开星际迷航宇宙时，一切似乎又恢复了正常。然而，漫画的最后几幅画很快就证明并非如此。在立方体的深处，Borg Collective 仔细评估了他们对 TARDIS 及其所有者的发现，并且在漫画令人毛骨悚然的最后一行中，他们决定需要开发自己的时间旅行品牌。
星际迷航 粉丝们会立即认识到这一点的重要性，以及博格的研究将导致什么：在人类形成联邦之前努力同化人类。当然，如果不是 Picard 和 Enterprise-E 的船员 星际迷航：第一次接触 ，他们的计划将会成功，博格人将统治整个银河系。所以，总而言之，博士和他的朋友们似乎给人留下了深刻的印象。
同化2 是一个令人愉快的、取悦粉丝的跨界车，但必须指出的是，最终，它的规范性是有争议的。毕竟，让一部电视剧的主角在另一部对手剧中负责重大事件的情况非常少见。但谁知道呢？克里斯托弗·埃克莱斯顿的第九任博士回归这样不太可能出现的面孔，以及相互矛盾的连续性的共同历史，很难预测两部科幻小说中最经久不衰的电视节目的未来。而且，即使这两个属性都忽略了（或完全改写）这个故事，这并不意味着这个故事不能因其自身的优点而被 星际迷航 和 神秘博士 一样。
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