在克隆人战争期间，克隆人军队被部署到整个银河系，但是在第66号命令和银河共和国倒台之后会发生什么呢？
在克隆人战争期间，克隆人军队被部署到整个银河系，但是在第66号命令和银河共和国倒台之后，他们发生了什么？首次出现在 星球大战：第二集-克隆人的攻击 ，克隆人部队对反对分离主义运动的努力至关重要。他们与绝地并肩作战，建立了友谊并发展了独特的怪癖，但最终，所有克隆都被西斯植入的行为修饰生物芯片束缚，并被迫进行帕帕汀的竞标。最后，它们是达斯·西迪斯（Darth Sidious）征服银河系以及绝地武士（Jedi Order）在世的灭亡的关键 星球大战：第三集-西斯的复仇 。
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克隆人军队是在分离主义事业兴起之前建立的，当时绝地大师西弗·迪亚斯（Sifo-Dyas）认为银河系很快就会陷入冲突，而确保共和国安全的唯一方法就是建立一支忠于绝地和安理会的军队。但是，绝地会议并没有很好地接受他的观点，最终他被淘汰了。决心实现自己的远见，西弗·迪亚斯（Sifo-Dyas）委托卡米诺人（Kaminoans）在未经安理会授权或银河参议院不知情的情况下组建了一支克隆军队。西斯意识到了一个机会，下令将他去世，达斯·泰拉努斯（Darth Tyranus）在卡米诺人未注意到的情况下接手了该项目。
在西斯（Sith）控制克隆项目的情况下，每个克隆都获得了一块生物芯片，可以确保他们在适当的时机都跟随帕尔帕廷。克隆几乎无法抵抗遵循66号命令，但其遗传密码也以其他方式进行了修改。所有克隆的构建均不如赏金猎人Jango Fett（它们的遗传模板）那么独立和具有侵略性。最重要的是，他们的衰老过程得到了极大的加速，以确保他们能够为更快的战斗做好准备并不断向军队补给。因此，克隆人最终在克隆人战争后不久就退休或死亡（如 星球大战：克隆人大战 ）结束。
后 66号令导致绝地的死亡 在整个银河系中，帕尔帕廷成为了皇帝，对克隆人的需求大大减少了。在帝国统治的头几年，他们充当突击队，但最终，克隆生产停止了，帝国开始改为招募普通人。由于它们的快速增长，其余克隆被认为不适合履行军事职责，因此已退休。
少数人为帝国训练了新兵，但有些人反对他们的计划，并参加了运动以恢复共和国。在 星球大战叛军 ，据透露，一个名叫雷克斯（Rex）的克隆人是叛乱的一部分，甚至参加了《恩多之战》。在克隆人战争结束后的几年中，另一批被称为“坏批次”的克隆人作为雇佣军工作，但政府不再使用它们。
到原始的时候 星球大战 三部曲，大多数Jango Fett克隆都已死亡，并且到2012年已完全灭绝 星球大战：原力觉醒 ，这是前传三部曲发生后的几十年。克隆人军队的命运注定是为服役而生，尽管他们忠于共和国，但被迫背叛它，后来又为帝国服务。大量生产，然后丢弃，他们的命运被密封。